La commune de Noisy Rudignon est à l’origine formée par le bourg de Noisy-Le-Sec et un hameau: Rudignon. Ce hameau faisant partie de la commune de Flagy, est rattaché à Noisy-le-Sec en 1832 et ce n’est qu’en 1910 que la commune prend le nom de Noisy-Rudignon.

Le nom de la commune provient du bas latin nosiacum, en référence à la grande quantité de noyers présents sur ce territoire.

L’histoire de la commune est très liée à la vie religieuse, puisque ses terres ont longtemps appartenu à l’abbaye Saint-Germain-des-Prés de Paris. Son église, était quant à elle rattachée à la proche paroisse de Dormelles.